Existe constancia documental de la utilización de extractos de algunas plantas medicinales se han utilizado durante siglos, y también de los hongos que crecen en ciertos quesos para el tratamiento tópico de las infecciones.
El desarrollo empírico de los antibióticos y el conocimiento de su mecanismo de acción de no llegó hasta el siglo XX. A principios de ese siglo, el bacteriólogo alemán Rudolf von Emmerich descubrió un preparado capaz de destruir las bacterias del cólera y la difteria en un tubo de ensayo. Sin embargo, no era eficaz en el tratamiento de las enfermedades. Unos años después, el físico y químico alemán Paul Erlich probó decenas de sustancias químicas capaces de en un afán por atacar de manera selectiva a los microorganismos infecciosos sin lesionar al organismo huésped. Su trabajó desembocó en el desarrollo, en 1909, del salvarsán (“arsénico que salva”), un compuesto de arsénico con acción selectiva frente a las espiroquetas, las bacterias responsables de la sífilis. El salvarsán fue el único tratamiento eficaz contra la sífilis hasta la purificación de la penicilina en la década de 1940.
Pese a estos antecedentes, se considera que la Historia de los antibióticos comienza en realidad en 1928 cuando un científico británico, Alexander Fleming, descubre accidentalmente la penicilina.
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